در سده ششم و پنجم پیش از میلاد، مقدونیه پادشاهی مستقل خود را داشت که بر خلاف آتن و اسپارت در یونان، هم پیمان هخامنشیان بود. این اتحاد به اندازه ای بود که اسکندر، پادشاه مقدونیه در آنزمان، نقش سفیر ایران را در یونان ایفا میکرد. در سده چهارم پیش از میلاد مسیح، فیلیپ مقدونی سرزمین مقدونیه در شمال یونان را به زیر سلطه گرفت و با تاسیس یک ارتش نیرومند با سپاهیان فالانژ و آوردن فیلسوفان بزرگی چون ارسطو به آنجا، برای کشور خود به پایتختی پلا آوازه ای فراهم کرد. با اینحال اقدامات به موقع پادشاه هخامنشی، اردشیر سوم، مانع از توسعه طلبی او شد. با مرگ شاهنشاه ایران، فیلیپ به شهرهای یونانی یورش برده و برخی از آنان را مجبور به اطاعت از خود کرد. او از ضعف سیاسی ایران پس از اردشیر سوم بهره برداری کرده و تلاش کرد با شعار آزادسازی شهرهای یونانی از یوغ ایرانیان، پشتیبانی یونانیان را بدست آورد. که در همین زمان در یک مراسم جشن در یونان (احتمالاً با توطئه همسرش المپیا و پسرش اسکندر) به طرز مرموزی کشته شد. پس از او پسرش اسکندر مقدونی، کارهای ناتمام پدر را تکمیل کرده و چیرگی مقدونیان بر همه یونان اروپایی را محقق کرد. برخی شهرهای یونانی از ترس به مقدونیان پیوستند و بسیاری جنگیده و شکست خوردند. مثلاً شهر تبس پس از شکست از اسکندر، به طور کامل به اسارت و بردگی گرفته شد. و آنگاه اسکندر در 336 پیش از میلاد به داریوش سوم، واپسین شاهنشاه هخامنشیان، اعلام جنگ کرد. او پس از شش سال جنگ، موفق به فتح امپراتوری ایران شد. با درگذشت او در 322 پ.م قلمرو جهانی اش میان سه سردار او تقسیم شد. در این زمان مقدونیه به زیر کنترل آنتیگونس رفت. پس از چندی شهرهای یونانی بر مقدونیان شوریده و یک به یک مستقل شدند.

در میانه سده دوم پیش از میلاد، رمی ها با حمله به مقدونیه و شکست دادن فیلیپ پنجم، این کشور را به همراه شهرهای یونانی، به زیر پرچم خود کشیدند. از آنزمان برای حدود شش سده، این سرزمین در دست رمی ها بود تا اینکه در سده پنجم میلادی با تجزیه شدن امپراتوری رم، مقدونیه به یکی از بخشهای امپراتوری بیزانس به پایتختی کنستانتینوپول تبدیل شد. در سده ۷ میلادی با سرازیر شدن اسلاوها فرهنگ قومی مردم این سرزمین دگرگون شد. سپس در جنگی که بین اسلاوها و بلغارها در سده ۹ انجام شد بلغارها با فرماندهی تزار سیمون مقدونیه را به تصرف خود درآوردند و بعد از تزار سیمون نیز این سرزمین با پادشاهی فرزند او (تزار ساموئل) به زیر کنترل بلغارها رفت. شکست ساموئل در برابر بیزانسی‌ها در سال ۱۰۱۴ میلادی باعث شد تا کشور مقدونیه برای مدت طولانی بین بیزانسی ها، بلغارها و صربها رد و بدل شود و هر کدام از این قدرت ها برای مدتی مقدونیه را در تصرف داشته باشند.

در سال ۱۳۸۹ میلادی، زمانی که مقدونیه در تصرف صربها بود قوم ترک عثمانی نیز اقدام به تصرف مقدونیه کرد و موفق شد تا مقدونیه و صربستان را بطور کامل با رهبری اوتوم به تصرف درآورد. با شکست خوردن ترک‌های عثمانی در سال ۱۳۸۷ میلادی، توسط روسیه بار دیگر مقدونیه با عقد عهدنامه سنت استفانو بین روسیه و بلغارستان به بلغارستان ملحق شد ولی دوباره ترک‌های عثمانی توانست با پشتیبانی غرب مقدونیه را از بالکان جدا کند. سرانجام در سال ۱۸۹۳ میهن‌پرستان مقدونی حزب انقلابیون مقدونیه را تشکیل دادند و به مبارزه برای بدست آوردن استقلال علیه دولت عثمانی پرداختند. ولی در ماه مه سال ۱۹۰۳ که انقلابیون به اوج قدرت خود رسیده بودند توسط دولت به طرز وحشیانه‌ای قتل‌عام شدند و رهبر آنها کووچه دلکی به سمبل میهن پرستی مقدونیه تبدیل شد.

در جنگ اول بالکان در سال ۱۹۱۲ کشورهای بلغارستان، یونان و صربستان باهم علیه ترک‌ها متحد شدند ولی بازهم نتوانستند مقدونیه را باز پس بگیرند. در جنگ دوم بالکان (۱۹۱۳) این سه کشور موفق به پس گرفتن مقدونیه از ترک‌ها شدند ولی صربستان و یونان با کنار گذاشتن بلغارستان، مقدونیه را بین خود تقسیم کردند. انقلابیون مقدونیه که خواستار استقلال بودند علیه حکومت پادشاهی صربستان دست به تظاهرات و اعتراض زدند ولی پادشاه زبان مقدونیه‌ای و حتی نام مقدونیه را در سراسر کشور ممنوع اعلام کرد. با این حال انقلابیون مقدونیه در طول جنگ جهانی دوم برای صربستان شجاعانه جنگیدند و از این کشور محافظت کردند و به همین دلیل بعد از جنگ جهانی دولت مقدونیه در درون یوگوسلاوی به صورت یک استان خود مختار درآمد. همچنین اولین قوانین زبان مقدونیه‌ای و اولین کلیسای مستقل اورتدوکس مردم مقدونیه در سال ۱۹۵۲ برپا شد.

در ۸ سپتامبر سال ۱۹۹۱ مردم مقدونیه با انجام یک همه‌پرسی و با ۷۴% رای موافق مقدونیه را به‌عنوان یک کشور مستقل از یوگوسلاوی جدا کردند. اولین رئیس جمهور جمهوری مقدونیه که کمی پیش از همه پرسی به سمت خود انتخاب شده بود، کیرو گلیگروف نام داشت. دولت یوگوسلاوی نیز با این موضوع موافقت کرد و مقدونیه را از افراد ارتش خود بطور کامل تخلیه کرد و بخاطر صلح آمیز بودن این جدایی راههای ارتباطی (راه آهن و راههای زمینی) بین دو کشور قطع نشد و بعد از مدتی دولت یوگوسلاوی تعدادی از نیروهای خود را برای مشخص کردن مرز دو کشور به مقدونیه فرستاد. بر اساس توافق مرز دوکشور از استان کوزوو در یوگوسلاوی تعیین شد.

بیشتر کشور مقدونیه را فلاتی با ارتفاع ۶۰۰ تا ۹۰۰ متر تشکیل می‌دهد. رودخانه واردار این کشور را به دو قسمت تقسیم می‌کند و در راه خود از وسط پایتخت (اسکوپیه) عبور می‌کند و در انتها به دریای آگن درنزدیکی شهر دسالونیکی یونان سرازیر می‌شود. دریاچه‌های مهم این کشور اورید و پرسپا هستند که در جنوب شرقی مقدونیه قرار دارند. دریاچه اورید عمیقترین و پرسپا بزرگ‌ترین دریاچه منطقه بالکان هستند. در قسمت شمال غربی هم کوههای سار پلانینا مرز مقدونیه و کوزوو را مشخص می‌کنند که بلندترین قله آن با ارتفاع ۲۷۵۰ متر بلندترین نقطه مقدونیه نیز هست. پارکهای ملی مقدونیه عبارت‌اند از پلیستر (غرب بیتولا)، گالیسیکا (بین دریاچه‌های اورید و پرسپا) و ماوروو (بین شهرهای اورید و تتوو).

برخی شناسه‌های جغرافیایی مقدونیه:

• مساحت کل: ۲۵،۷۱۳ کیلومتر مربع
• مساحت خشکی: ۲۴،۸۵۶ کیلومتر مربع
• مساحت آبی: ۴۷۷ کیلومتر مربع
• کشورهای همسایه: آلبانی – بلغارستان – یونان – صربستان
• میزان راه مرزی کل: ۷۴۸ کیلومتر
• میزان مرز با کشورهای مرزی: آلبانی ۱۵۱ کیلومتر – بلغارستان ۱۴۸ کیلومتر– یونان ۲۲۸ کیلومتر – صربستان ۲۲۱ کیلومتر
• آب و هوا: گرم – تابستانها و پاییزهای گرم و خشک و زمستانهای سرد با بارش سنگین برف
• وضعیت زمینها: زمینهای کوهستانی با رودخانه‌ها و دره‌های عمیق – سه دریاچه بزرگ – با رودخانه واردار به دو بخش تقسیم شده است.
• انواع زمینها: زمینهای کشاورزی ۲۵% - چراگاه ۲۵% - جنگل ۴۰% -زمینهای دیگر ۱۰%
• پست‌ترین نقطه: رودخانه واردار (۵۰ متر بلندتر از سطح دریا)
• بلندترین نقطه: کوه گولم کوراب (۲۷۵۳ متر بلندتر از سطح دریا)
• معادن طبیعی: کروم – سرب – روی – منگنز – تنگستن – نیکل – سنگ آهن – گوگرد
• مشکلات محیطی: آلودگی هوا توسط کارخانه‌های ریخته گری